保康手抄本《黑暗传》的故事结构是这样的：

太古时期，汪洋大海中聚水成金化成石人，石人得道后变成昊天圣母。昊天圣母在灵山上救下五条黄龙后，黄龙知恩图报将三颗龙蛋子送给圣母，她吃下后怀孕，30年后的正月初七生下了定光、幽冥和沙婆三个儿子。5年后，圣母带着三个儿子在灵山上玩时遇到了金水化成人形的孙开和唐末兄妹二人，让他俩到昆仑山上去修练，后来盘古开天后他俩就是太阳和月亮。回到西弥洞中后，大儿子定光随黄龙去做了西天龙庭主，并斩杀了五条黑龙。后来，定光用定天珠将天化分为九重天和三十三天界，两边相距十万八千里，中间有十万里，周围有八十三万公里。定光因为贪吃丧生，死后化成一颗北斗星。昊天圣母知道后，让幽冥到东土地府去“播察六司看众生”，他行后分开五关斩掉五条黑龙，在丰都坐了阎罗殿，打发很多人去修行和超度，并为后世的盘古开天、夏商周时期的乾坤大乱等作出预言和安排。

昊天圣母知道自己命在旦夕的时候，她化成三卷天书，三儿子沙婆苦苦攻读修成了古佛。后来又收下了莲花化成人形的小徒弟，就是如来。依次又有了枯莲道人、老聃、三佛、混沌等等。佛祖让混沌到太荒山上把天地分开。他在太荒山上住了五百年才见到金石出现，得到开天斧后，他改名叫盘古，劈开天地，请孙开和唐末兄妹在天上轮流照耀东土。盘士又封好天皇，把乾坤交给天皇，自己才回西天去。天皇安排天上的星斗，配置了甲子和五行。后来，天皇又从龙门国的11个弟兄中选人做了地皇，地皇又划分了昼夜和时辰。后来，地皇又从其他的州中选人做了人皇，人皇把天下划分为九区和九州，因为没有人类，他只好分封龟蛇做臣子。

东海蓬来岛上的鸿均老祖在汪洋中看到五条龙捧着一个大葫芦，打开一看是洪水泡天前的大洪国洪末天子的儿子和姑娘，因为干旱了33年，突发洪水灭亡了人类，世上只有他们兄妹俩是人身肉体。鸿均老祖给他俩取名叫五龙氏。五龙兄妹偷偷渡过东海找到人皇，人皇再三劝五龙兄妹结婚繁衍人类，几经周折，五龙兄妹才答应结婚，30年内生下了九个儿女，依次是伏羲氏、神农氏、云阳氏、祝融氏、葛天氏、人皇氏、燧人氏、轩辕氏、有巢氏，分别掌管九州。经过很长时间以后，才从远古时代进入文明时代。

黑暗传》告诉了我们一个远去的、从来没有文字记载的远古时代的影子。她是那样的美丽而神秘，遥远又传奇。我从近两年来对国内外大量神话资料的研究判断，7000—10000万年间，我们现在生活过的土地上确实曾经发生过鲜为人知的大灾难，它导致人类几乎灭绝，它导致人类文明出现了明显的断层。我常想，用现代人的眼光来看，盘古开天时也许正是沙尘暴、日全食、洪灾等多灾并发的高峰期，极有可能毁灭了史前人类文明。在天皇、地皇和人皇治理时期，我们现有的大地上只有动物，他们倒底是些什么样的人，他们又来自哪里？五龙兄妹婚配后的子女又与谁来婚配并传下我们现在的人类呢？东西方人种和文明是否在这个灾难的恢复期进行过一次大调整和大融合呢？